Museon myrkkykaapissa on ns. kiellettyjä kirjoja.
Suomen ensimmäinen kirjasto perustettiin Vaasaan jo vuonna 1794. Kirjastomuseo tarjoaa monipuolisen kuvan kirjaston historiasta esineiden, kirjojen ja kuvien avulla. Historialliset kirjakokoelmat jakavat tilan museon vaihtuvien näyttelyiden kanssa.
Suomen ensimmäisen yleisen kirjaston juuret ovat Waasan Luku-kirjastossa, jonka eräät Vaasan hovioikeuden jäsenet perustivat vuonna 1794 ”omaksi huvikseen ja ajankulukseen”. Kaupungin muutkin asukaat saivat käyttää kirjastoa pientä maksua vastaan. Kirjastossa oli laaja kokoelma kirjoja ja karttoja sekä myös muotokuvia ja kuparipiirroksia. Taide-esineitä tuskin lainattiin, mutta eräänlaista artoteekkitoiminnan alkua oli kuitenkin olemassa. Luku-kirjasto toimi vuoteen 1845, kunnes Venäjän vallan sensuurimääräykset pakottivat sen sulkemaan ovensa. Museossa on nykyisin jäljellä 30 teosta alkuperäisestä Luku-kirjastosta.
Luku-kirjaston lopetettua toimintansa vaasalaiset jäivät ilman kirjastoa viideksi vuodeksi. Lehtori Oskar Rancken tarttui asiaan vuonna 1850, ja uusi kirjasto toimi 1900-luvun alkuun. Palosaaren kirjaston vintiltä löytyi 1930-luvulla kokoelma säilyneitä niteitä kyseisestä kirjastosta. Niteet oli sidottu mustiin nahkaselkiin, ja siksi kokoelmaa on alettu kutsua Mustaksi kirjastoksi.
Museon helmiin kuuluu ensimmäisiä suomeksi painettuja kirjoja. Ne on painettu ennen vuotta 1850 ja käsittelevät enimmäkseen uskonnollisia ja hengellisiä aiheita sekä psalmeja ja hengellisiä lauluja. Wankikokoelmasta eli ennen Vaasan paloa v. 1852 painetuista teoksista löytyy myös muita kiehtovia historiallisia kirjoja. Lisäksi museossa on näytteillä Londicer-kirjapainon kirjallisuutta. Se aloitti toimintansa vuonna 1776 ja se oli Vaasan ensimmäinen – ja Suomen toinen – kirjapaino. Niin kutsutussa myrkkykaapissa säilytetään eri aikakausina kiellettyjä kirjoja. Kaapin lasiruudut on peitelty paperilla, jotta kirjoja ei näkyisi.
Kirjaston toimintaa eri aikakausina esittelevässä näyttelyssä kuvataan muun muassa lainausta, erilaisia kortistojärjestelmiä ja kerrotaan, miten Robert Fortelius, ”herra Internet”, toi Internetin kirjastoihin 1980-luvun puolessavälissä. Suomi tarjosi maailman ensimmäisenä maana Internet-yhteyden kirjastossa.
Museossa järjestetään mielenkiintoisia luentosarjoja eri teemoista, esim. eri vuosisatoina kielletyistä kirjoista. Museossa järjestetään myös vaihtuvia, kirjastomaailmaan tai kirjallisuuteen liittyviä näyttelyjä.