Laivapotrettien kokoelma kuuluu museon erikoisuuksiin.
Pietarsaaren kaupunginmuseo on merenkulkuun ja laivanrakennukseen painottuva historiallinen museo. Ne ovat olleet tärkeä osa Pietarsaaren historiaa. Malmin kauppahuoneella on ollut suuri merkitys kaupungille. Vanhaan laivanvarustajakotiin on luotu kauniita ympäristöjä ja sisustuksia esineillä, taiteella ja tekstiileillä.
Pietarsaaren kaupunginmuseo perustettiin vuonna 1904, ja siitä tuli Suomen vanhimpia kunnallisia museoita kaupungin otettua museon hoitaakseen vuonna 1906. Museon rakennuksista tärkein on Malmin talo, mutta museoon kuuluu myös näyttelyhalli Tempus sekä Runebergin tupa ja Westmaninmuorin tupa.
Museon tärkeimmät kokoelmat sijaitsevat laivanvarustaja ja kauppamies Peter Malmin vuosina 1836-1838 rakennuttamassa Malmin talossa. Malmit oli Suomen suurimpia kauppias- ja laivanvarustajasukuja 1700-luvun jälkipuoliskolta 1800-luvun puoliväliin saakka. Ensimmäinen suomalainen maailman ympäri purjehtinut alus, ”Hercules”, oli Peter Malmin aluksia. Enimmillään hän omisti 42 alusta. Kaupungin laivanrakennus- ja varustamotoiminta loivat pohjan nykypäivän Pietarsaaren satama- ja teollisuuskaupungille.
Museossa on näytteillä Malmin perheen kaunista sisustusta ja muistoesineitä. Amalie Malmin hääleninki vuodelta 1855 kuuluu museon helmiin. Lisäksi kokoelmassa on Malmin suvulle kuuluneita käsitöitä ja pukuja sekä myös muita säätyläis- ja talonpoikaistekstiilejä.
Museossa on myös kattava taidekokoelma. Siihen kuuluu mm. Fanny Churbergin ja Helena Westermarckin teoksia Suomen kuvataiteen kultakaudelta. Nykyään kokoelmaan sisältyy maalauksia, grafiikkaa, veistoksia, kunniamerkkejä, valokuvataidetta ja pienoismalleja. Edustettuna ovat erityisesti pietarsaarelaistaiteilijat Karin Sidorow ja Erik Knif, ja kokoelmassa on hyvin paljon heidän maalauksiaan.
Museon piharakennuksessa on ennallistettuna useita erilaisia tiloja aitoine esineineen: 1950-lukua kuvaavat kyläkauppa, kampaamo ja työläisasunto. Maalaistalo, jossa on 1800-luvun sisustus ja takilakamari. Takilakamarissa säilytettiin purjealusten purjeita, köysiä ja muita tarvikkeita.
Lucian ympärillä museossa järjestetään joulu Södermalmilla ja vuoden aikana museo osallistuu moniin muihin tapahtumiin. Museoon kuuluu myös Tempus-näyttelyhalli, joka esittelee väliaikaisia kulttuurihistoriallisia ja taidenäyttelyitä